O Mangá/Anime conta a hístória de um menino chamado Uzumaki Naruto, uma criança da vila de ninjas da aldeia da Folha, no País do Fogo (em um mundo fictício). Quando ainda bebê, Naruto teve o monstro Kyuubi, uma raposa de nove caudas, aprisionado em seu corpo pelo Yondaime (quarto Hokage da vila de Konoha), para salvar a vila. Desde então, Naruto é visto por muitas pessoas como um monstro, não só pelos familiares das pessoas que a Kyuubi matou, mas também por pessoas que sofrem com as besteiras feitas por Naruto. Incompreendido, Naruto sonha em se tornar um ninja poderoso, e ser nomeado Hokage (o mestre da vila), pois assim suas verdadeiras habilidades seriam mostradas e sua força seria reconhecida por todos. Ele entra na Academia Ninja, onde sofre com as notas baixas, mas é ajudado por seu professor e amigo Iruka. Consegue finalmente se tornar Genin (nível ninja mais baixo) e a partir daí passa a ser ensinado pelo Jounin Hatake Kakashi, e forma um trio com seus colegas, Haruno Sakura e Uchiha Sasuke. O Manga/Anime, conta sobre as missões que Naruto e seus colegas devem cumprir e, mais tarde, o teste Chunnin, que selecionará aqueles que passarão para o segundo nivel ninja, Chunnin. O teste Chunnin baseia-se em três etapas, sendo a primeira delas a prova escrita. O objetivo da prova não é exatamente acertar todas as perguntas. Era provar seus métodos shinobi e colar sem ser percebido, e apenas os melhores ninjas percebem isso. A segunda etapa é sobreviver 5 dias na floresta da morte, e nesse meio tempo coletar os pergaminhos do céu e da terra para passarem à terceira etapa, que é lutar entre si sendo avaliados pelo conselho das vilas participantes. Além de muitas outras aventuras que o jovem Uzumaki Naruto vai enfrentar, ele aprenderá novos jutsus e ficará mais forte onde talvez um dia possa alcançar o seu sonho.